Universitas Nuku Tidore didirikan pada tanggal 28 September 2001. Lembaga Pendidikan tinggi ini didirikan atas dasar keinginan dari Sri Paduka Sultan Tidore H. Djafar Syah, Sultan yang Ke-38, yang dikemukakan pada tahun 2000, kemudian mendapat respon dan dukungan dari masyarakat.
Kehadiran Universitas Nuku diharapkan dapat menjadi jawaban atas tuntutan masyarakat untuk membangun sumber daya manusia yang profesional dan berdaya saing, serta mengatasi keterbatasan SDM bergelar S1 di wilayah Maluku Utara.
Tuntutan masyarakat untuk membangun SDM profesional.
Meningkatkan ketersediaan lulusan sarjana (S1).
Pada tahun 2009 nama penyelenggaran pendidikan berubah menjadi Yayasan Pendidikan Nuku Tidore. Hingga saat ini Universitas Nuku telah melaksanakan kegiatan akademik selama lebih dari 20 tahun sebagai tonggak pendidikan di Maluku Utara.